⑴微波对药物加热迅速而均匀、干燥速度快、时间短。由于是在湿物料内部加热，热传递方向与湿分传递方向一致，水分从物料中心向两侧扩散，路程比传导加热要少一倍，有利于提高物料干燥速率、缩短干燥时间。由于微波能直接为水分所吸收，物料内部和表面的水分能同时获得微波而被加热，所以加热均匀、且干燥时间短，不影响被干燥物料的色香味及组织结构。例如将含水量从80%烘干降至20%时，用热空气干燥需20h，而用微波干燥仅需2h即可。又如用传统烘房干燥400~500kg的丸药，水丸需20h左右，蜜丸平均约需6h，而采用微波加热干燥，水丸仅需4~5h，蜜丸约需1h。烘干阿胶时，原工艺至少需20d，而微波工艺只需7d。且有一定膨化作用，更利于人体吸收。
⑵选择性加热，干燥温度低，产品清洁，干燥及灭菌效果好、质量高。在微波干燥中不同物质吸收微波的能力亦不相同，其中水分比其他一些固体物料具有更大的吸收能力，所以利用微波对含水物料的干燥特别有利，湿物料中水分获得较多能量而迅速汽化，而固体物料因吸收微波能力小，温度不会升的很高。而且在干燥的同时兼有灭菌杀虫等效果，从而提高了产品质量。获得的成品含水量均匀，清洁无菌，表面不结壳、皱皮或开裂等，干燥效果较理想。经微波处理后的丸药，含菌数比未处理者降低了78%~99%，比烘房处理者降低15%~90%。用微波对药物进行低温灭菌一般仅需几十秒至几分钟，而且干燥温度一般在80℃以下，主要成分基本不受影响，可保证疗效。如鸡骨草丸制剂颗粒经微波灭菌前后的紫外吸收光谱和荧光光谱基本一致，说明微波干燥对药物的主要成分无明显影响。又如在很多口服液中都含有营养物质，经高温灭菌后虽然达到了卫生学检查的要求，但同时大都破坏了其中的营养成分，易产生沉淀，并带有较浓的焦苦味。而用微波进行处理，可以保持原营养成分，口感好，色泽澄清，无沉淀，灭菌效果好。
⑶耗能少、成本低 由于热量直接生产于湿物料内部，所以热损失少、热效率高，一般可达80%左右。如用电热干燥某物料耗电100KW，而用微波干燥同量同湿度的物料，耗电20KW即可达到同样干燥程度。微波耗能仅占传统蒸汽和烘箱耗能的1/3，节约大量能源，生产成本降低。
⑷环境好、无污染 微波加工无环境和噪音污染，加工车间内无闷热的高温和蒸汽弥漫，大大改善了工人的工作环境。
⑸操作简便、生产效率高。 用微波处理药物可以连续操作，提高了生产效率，便于自动化生产和企业管理。改善了工作环境和条件，设备操作方便、控制灵敏。因微波是由电能转换而来，开通电源热即产生，进行干燥，断开电源，热源立即消失。不需预热、亦无余热。而且微波设备结构紧凑，占地小，减少了配套设施。
